Unter Server 2012 kann das SSL-Zertifikat für den RDS-Dienst nicht mehr über die GUI geändert werden. Der Thumbprint des verwendenten Zertifikats ist in der WMI-Klasse “Win32_TSGeneralSettings” gespeichert und kann mit folgendem Befehl geändert werden.
wmic /namespace:\\root\cimv2\TerminalServices PATH Win32_TSGeneralSetting Set SSLCertificateSHA1Hash="THUMBPRINT"
Quelle
Serverfault: Configure custom SSL certificate for RDP on Windows Server 2012 in Remote Administration mode?